インプラントの高さ

ご相談ありがとうございます。どういう理由があるのか、わかりませんが通常は咬合（噛み合わす）させます。
肩首の凝りは、噛み合わせが低いのが直接的もしくは、間接的な原因かは確定出来ませんが可能性はあります。全く関係ない場合もあります。
いづれにせよ、再度 主治医に相談してはいかがでしょうか。
それでも、症状が改善しないのであればセカンドオピニオンとして、他院を受診されてはいかがでしょうか。
レントゲンなど詳しい資料を拝見していないので、これぐらいの返答しか出来ず、すいません。

上下の歯が当たるように作るのがふつうです。