インプラントの歯が小さい

まず簡単に言いますとインプラントは、天然歯に取って代わるものではありません。
一つの違いとして根に該当する部分の形態的な違いがあります。
また構造的にも違うため、もともとあった歯の根の太さより細いのが通常です。
それは、天然の歯根より骨の厚みが必要なことや他の理由によります。
細いところに天然の歯と同じ大きさの被せ物を入れると、インプラント体に負担がかかりやすく少し小さめに被せることも多いです。
ご担当の先生の説明にあったのはそのことだと思います。
また、加えて細い根本の部分に大きな被せ物が被ると根本の部分は余計にくびれ、さらに食べ物は残りやすいかもしれません。
らすたさんの現状の場合では程度の問題もあると思います。
ご担当の先生のご指示により、違和感が取れるのかどうかしばらく経過を見た後に、どうしても改善しない場合は、担当医にご相談なさっては如何でしょうか。

ご質問ありがとうございます。

担当歯科医の言ったように通常より小さくするケースが多いです。
ただし、隣の天然歯（自分の歯）とのコンタクト（隙間）はどうですか？
この隙間が広いと食べ物が詰まりやすいですし、またその歯の高さ（天然歯とインプラントの被せモノ）の差があればまた同じような事が起きます。

直接診たわけでありませんがお話で判断して、歯並びについては下の歯は心配ないと思いますが、左の上の一番奥歯が下の歯と当たっていないと挺出（出てきてしまう）状態が起きてしまいます。

担当医によく診てもらい判断（診断）してもらって下さい。話しづらいようならセカンドオピニオンもあると思います。

診察してみないと回答できない内容だと思いますので、この少ない情報の中で私の考えを示すのは控えたいと思います。

担当医に、不安や不満を正直に話し、ネットでも相談している程悩んでいること。この状態では治療に納得できず、隙間がない人工歯に作り変えてほしいのだとはっきり伝えてみて下さい。

小さい上部をいれるのは、それなりの考えがあります。間違いではありません。
　将来の歯列には空隙が無く、隣の歯と当たっていれば問題ないと思います。